Man kann wohl davon ausgehen das Papua Neuguinea bereits vor sehr langer Zeit besiedelt wurde. Mögen wir an dieser Stelle nicht gleich von Urzeit sprechen, aber doch schon mehrere hundert Jahre in die Vergangenheit wird es schon reichen. Deutlichstes Zeichen hierfür ist die Kultur welche sie aufgebaut haben. Am wahrscheinlichsten ist das die Ureinwohner aus Südostasien stammen und von Landwirtschaft und dem Fischfang lebten.
Der erste Seereisende der die Insel entdeckte war der portugiesische Seefahrer Jorge de Meneses, der anfangs des 16. Jahrhundert die Insel irgendwo im Norden anlandete. Dieser gab der Insel damals die Bezeichnung „Ilhas dos Papuas“. Dies soll sich dabei auf die Haare der Einheimischen bezogen haben. Als gegen 1545 der Spanier Iñigo Ortiz de Retez die Insel erreichte nannte er sie nach dem westafrikanischen Vorbild schlicht „Nueva Guinea“. Bis zum Anfang des 19. Jahrhunderts waren es die Spanier welche die Bodenschätze und weitere Landesspezifische Güter von der Insel verschifften. Holländer haben bereits 1828 sich den westlichen Teil der Inseln erstritten und sicherten diesen. Der Ostteil hingegen musste zwischen England und Deutschland im Jahr 1884 aufgeteilt wurde. Der nördliche Teil sowie die im Norden liegenden Inseln wurden 1899 zu einer britischen Kolonie erklärt.
Die Britische Herrschaft um Port Moresby wurde bereits 1906 von den Australiern übernommen, welche nach dem 1. Weltkrieg auch die deutschen Gebiete übernahm.
Nach Besetzungen während des 2. Weltkriegs durch Japan wurden 1949 das Territorium „Papua“ und das vormals deutsche Territorium „Neuguinea“ zusammengeschlossen.
1972 begannen die ersten Bestrebungen zur Unabhängigkeit, welche schlussendlich Mitte September 1975 im Rahmen des Commonwealth erreicht wurde. Der erste Premierminister wurde Michael Somare.
Aufgrund der Annektierung der westlichen Teile Neuguineas musste sich die Regierung im Jahr 1963 mit immer wiederkehrenden Autonomiebestrebungen vereinzelter Regionen auseinandersetzen. Dies gipfelte auf der Insel Bougainville im Jahr 1988 in einem bewaffneten Konflikt mit tausenden Menschenopfern und schlussendlich sogar mit dem Sturz der Regierung.
Erst durch australische und neuseeländische Hilfe war es 1998 möglich einen Waffenstilstand zwischen den verfeindeten Parteien herzustellen. 2001 wurde auch ein Friedensabkommen geschlossen welches vorsah das Bougainville zu einem autonomen Staat werden würde. Es war im Jahr 2005 als in Bougainville die ersten freien Wahlen stattfinden konnten.